经2016年第29次部务会议审议通过，交通运输部发布了《关于修改〈国内水路运输管理规定〉的决定》（交通运输部令2016年第79号），自2016年12月10日起施行。本次发布的《国内水路运输管理规定》主要在两方面作了修改：一是删除了原规定第十条中“交通运输部具体实施国务院国有资产监督管理机构履行出资人职责的水路运输企业及其控股公司的经营许可”的内容，将第十条第一款修改为“交通运输部具体实施省际客船运输、省际危险品船运输的经营许可”；二是将第三十七条第二款中“租用外国籍船舶从事临时运输的水路运输经营”审批时限由“20个工作日”调整为“15个工作日”。
原规定确定的国内省际水路运输许可权限存在根据申请人企业性质和经营范围两个维度，除了省际客船运输、省际危险品船运输的经营许可外，国务院国有资产监督管理机构履行出资人职责的水路运输企业及其控股公司（即中央航运企业）的省际普通货船运输经营许可也由部具体实施。为落实国务院简政放权和加强事中事后监管的要求。今后不论是中央航运企业，还是地方航运企业，都将按照企业经营业务范围来划定国内省际水路运输许可权限。其中，交通运输部具体实施省际客船运输、省际危险品船运输的经营许可，省级人民政府水路运输管理部门具体实施省际普通货船运输的经营许可，省内水路运输经营许可的具体权限由省级人民政府交通运输主管部门决定。这将有利于形成统一的国内水路运输市场监管体系，提高行政许可办理效率。
同时，为落实国务院“放管服”改革要求，缩短审批时限，将“租用外国籍船舶从事临时运输的水路运输经营”这一行政许可的审批时限由20个工作日缩短为15个工作日。
